Siglo XV. El joven Leonardo da Vinci, junto a otros artistas de la época, es convocado por Lorenzo de Médici para resolver la misteriosa aparición de un cadáver en la campiña. Gracias a su astucia, Leonardo logra llamar la atención de Lorenzo y de su mujer, Clarisa Orsini, y ambos, pretendiendo que desconocen el actuar del otro, le asignan a Leonardo una misión: resolver los acertijos que evitarán que il Consiglio, una importante sociedad secreta, controle a los seres místicos que habitan el Dominio, lugar donde la mitología y la fantasía se encuentran con la realidad. Con la ayuda de Luigi Pulci y la bruja Morrigan, da Vinci emprenderá un extraordinario viaje en búsqueda de criaturas oscuras que son una amenaza para la tierra.
Mientras, Lucca Visconti, el Archimago y cabecilla de il Consiglio hará lo imposible por llegar al Dominio y así, controlar ambos mundos.